Η έρευνα της Εισαγγελίας Ανηλίκων έχει επικεντρωθεί, με βάση τα δεδομένα που υπάρχουν στην δικογραφία, σε ενέργειες προβεβλημένου στελέχους του ΜΚΟ και τριών προσώπων που εργάζονται σε δομές
Ο αθλητής και τότε συνεργάτης της «Κιβωτού», Χρόνης Χλίτσιος, κατήγγειλε ότι τρία παιδιά που φιλοξενούνταν στη δομή, ξυλοκοπήθηκαν άγρια από στέλεχος του οργανισμού που τότε υπηρετούσε στην Αθήνα