Στις 4 Νοεμβρίου 1996, στη διάρκεια της μεγάλης εθνικής, διακλαδικής ασκήσεως «Παρμενίων 1996» σημειώθηκε στα νερά της Σάμου μία από τις «μαύρες σελίδες, στην υπερτρισχιλιετή ένδοξη ιστορία του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού, με τον εμβολισμό και την τελική βύθιση της πυραυλακάτου ΤΠΚ «ΑΝΘΥΠΟΠΛΟΙΑΡΧΟΣ ΚΩΣΤΑΚΟΣ» (Ρ-25), που είχε ως αποτέλεσμα, εκτός της βυθίσεως του σκάφους, και τον θάνατο τεσσάρων εκ των μελών του πληρώματός τους.
Η κήρυξη της Επαναστάσεως του 1821 είχε ως αποτέλεσμα την αρχική προσχώρηση στον Αγώνα των πρώτων τριών ναυτικών νησιών, των Σπετσών, στις 26 Μαρτίου, των Ψαρών στις 12 Απριλίου και τελευταίας της Ύδρας στις 15 Απριλίου του 1821, γεγονός που παρακίνησε να ακολουθήσουν και τα υπόλοιπα συμμετέχοντας παντοιοτρόπως στον Αγώνα. Γενικός Αρχηγός του κατά θάλασσα αγώνα και των κατά θάλασσα ναυτικών δυνάμεων ορίζεται ο Υδραίος Τομπάζης.
Ενας ναυτικός του φορτηγού πλοίου RAPTOR που βυθίστηκε ανοιχτά της Λέσβου εντοπίστηκε και περισυνελέγη σώος από ελικόπτερο του πολεμικού ναυτικού - Μεγάλη επιχείρηση διάσωσης
Τεράστια ήταν η προσέλευση του κόσμου στα τρία πλοία του Πολεμικού Ναυτικού, που είχαν καταπλεύσει στο λιμάνι του Πειραιώς, για την εθνική επέτειο της 25ης Μαρτίου 1821, γεγονός που καταδεικνύει – για πολλοστή φορά – την τεράστια και αμφίδρομη διασύνδεση, που υπάρχει διαχρονικώς μεταξύ του ελληνικού λαού και του Πολεμικού Ναυτικού.
Ένας αξιωματικός του ρωσικού ναυτικού, ένας επιστήμονας που συμμετείχε στο πρόγραμμα πυραύλων και ένας στρατηγός που επέβλεπε τη χρήση χημικών, δολοφονήθηκαν
