Η ΕΥΠ και η ΕΛ.ΑΣ. διερεύνησαν, εν μέσω της κρίσης με τη γείτονα τον Αύγουστο, τον γκρίζο ρόλο τεσσάρων ΜΚΟ που κατηγορούνται ότι έκαναν κατασκοπεία και διακινούσαν μετανάστες
"Επαληθεύουμε εάν συμμορφώθηκε με τους περιορισμούς που τέθηκαν στην εξουσιοδότηση που του δώσαμε, μεταξύ άλλων ότι δεν έπρεπε να επικοινωνήσει με την Επιτροπή στο όνομα αυτής της ΜΚΟ», πρόσθεσε ο εκπρόσωπος της Επιτροπής, σημειώνοντας ότι «προς το παρόν δεν έχουμε ένδειξη για το αντίθετο"
Η ΜΚΟ Human Rights 360 που ήρθε στο προσκήνιο της επικαιρότητας μετά τις καταγγελίες της Οργάνωσης πως οι ελληνικές αρχές άφησαν στη «τύχη» τους 38 μετανάστες στον Έβρο τον δεκαπενταύγουστο, αν και βρίσκονταν σε ελληνικό έδαφος, με αποτέλεσμα να πεθάνει ένα παιδί. Καταγγελίες που σχεδόν ένα μήνα μετά σε ανακοίνωσή του ο ιδρυτής της Οργάνωσης πήρε πίσω κάνοντας λόγο για «εσφαλμένη πεποίθηση» ότι οι 38 βρίσκονταν στην ελληνική πλευρά.
Η τουρκική IHH που οργάνωσε την αποστολή με το σκάφος «Μαντλίν» για τη Γάζα δεν είναι μια απλή φιλανθρωπική ΜΚΟ. Είναι μέρος ενός ευρύτερου μηχανισμού που συνδέει τη ΜΙΤ, τη Χαμάς, τη Μουσουλμανική Αδελφότητα και την πολιτική ισλαμιστική ατζέντα της Τουρκίας.