Ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος στη συνεδρίαση της Ιεράς Συνόδου δήλωσε ότι άνοιξε ο δρόμος για διεκδικήσεις μετά την απόφαση του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου για την υπόθεση των ακινήτων της στην Βουλιαγμένη
Tην οργή του Αρχιεπισκόπου Αθηνών προκάλεσε η επίθεση του αρχιμανδρίτη του Ιερού Ναού της Αγίας μαρίνας Ηλιουπόλεως στον βουλευτή του ΠΑΣΟΚ κ.Παύλου Χρηστίδη γιατή ψήφισε "ναι" για τον γάμο των ομόφυλων ζευγαριών.
Η συμβολή του στον ειλικρινή διάλογο μεταξύ των Εκκλησιών και την αγωνία του για την ενότητα όλων αποτελούσαν τους βασικούς άξονες της ποιμαντικής του δραστηριότητας σε όλη τη διάρκεια της παπικής του θητείας.