Ο Μιχάλης Χρυσοχοΐδης ήταν υπουργός Προστασίας του Πολίτη στις 5 Μαΐου 2010, όταν, κατά τη διάρκεια της μεγάλης διαδήλωσης στο κέντρο της Αθήνας, σημειώθηκε η τραγωδία της Marfin, με θύματα την έγκυο Αγγελική Παπαθανασοπούλου, τον Επαμεινώνδα Τσάκαλη και την Παρασκευή Ζούλια.
Καθοριστικό ρόλο στην επανεκκίνηση της έρευνας φέρεται να διαδραμάτισε ένα ανώνυμο email που εστάλη στη Διεύθυνση Αντιμετώπισης Οργανωμένου Εγκλήματος, στο οποίο κατονομάζονταν οι τρεις κατηγορούμενοι.