Η περιουσία, τα Σκόπια, η αναγραφή του θρησκεύματος στις ταυτότητες, η συμφωνία των Πρεσπών, ήταν από τα θέματα τα οποία απασχόλησαν την επίσημη Εκκλησία η οποία διοργάνωσε συλλαλητήρια. Στη συνέχεια, η Σύνοδος περιορίστηκε στα του οίκου της και μάλιστα συνεργάστηκε και συζητά σε καλό κλίμα με την κυβέρνηση για θέματα όπως τα εμβόλια αλλά και τις ηλεκτρονικές ταυτότητες. Η στάση αυτή της Συνόδου, ειδικά για τα εμβόλια και τις ταυτότητες προκάλεσαν τις έντονες αντιδράσεις ομάδων πιστών οι οποίες κινούνται στο χώρο των φανατικών.
Από το 1987 που έγινε η μεγάλη σύγκρουση για την περιουσία έως σήμερα η Εκκλησία πολλές φορές χρησιμοποίησε τις λαοσυνάξεις χωρίς να έχει επηρεάσει τις εξελίξεις. Η μόνη φορά τα συλλαλητήρια και οι αντιδράσεις είχαν αποτέλεσμα ήταν για την περιουσία όπου ο όγκος των διαδηλώσεων και τα συχνά επεισόδια στους ναούς, η αποχή των κληρικών από τις εορταστικές εκδηλώσεις για την 25η Μαρτίου, και η απειλή για υπαγωγή στο Φανάρι, τρόμαξε την κυβέρνηση Παπανδρέου η οποία υποχώρησε οδηγώντας σε παραίτηση τον τότε υπουργό Παιδείας Αντώνη Τρίτση.
Στη συνέχεια η Εκκλησία περιορίστηκε στα δικά της μέχρι που προέκυψε το θέμα των Σκοπίων. Κληρικοί και παράγοντες της Εκκλησίας συμμετείχαν ενεργά στα συλλαλητήρια που διοργανώθηκαν το 1992 για το όνομα των Σκοπίων.
Πέρασε μια μακρά περίοδος ηρεμίας η οποία συνέπεσε και με την ασθένεια του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου Σεραφείμ ώσπου φτάσαμε στο 2000 όταν τότε Υπουργός Δικαιοσύνης της κυβέρνησης ΠΑΣΟΚ, Μιχάλης Σταθόπουλος, δήλωσε ότι "η αναγραφή του θρησκεύματος στις αστυνομικές ταυτότητες έρχεται σε αντίθεση με τη νομοθεσία για τα προσωπικά δεδομένα και την προστασία των ανθρώπινων δικαιωμάτων".
Η κυβέρνηση αποφασίζει τη μη αναγραφή του θρησκεύματος. Ο μακαριστός Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος με τη σύμφωνη γνώμη της Συνόδου αποφασίζει τη συγκρότηση δύο λαοσυνάξεων σε Θεσσαλονίκη και Αθήνα που πιστούς από όλη την Ελλάδα. Τότε, είχε κάνει ιδιαίτερη αίσθηση το λάβαρο της επανάστασης του 1821 το οποίο μεταφέρθηκε στο Σύνταγμα για να τονωθεί το φρόνημα των πιστών.
Χιλιάδες άνθρωποι ανεμίζουν ελληνικές σημαίες, χριστιανικά λάβαρα και εικόνες, ορισμένοι καταριούνται το barcode και το 666. Ο Χριστόδουλος απευθύνεται στους συγκεντρωμένους με θερμά λόγια: «Πιστέ και αγαπημένε λαέ, δεν ήλθα να σας διεγείρω. Ηλθα να σας εξηγήσω. Δεν ήλθα να σας φανατίσω. 'Ηλθα να σας ενημερώσω», «Είμαι συγκινημένος βλέποντας αυτή τη συγκλονιστική λαοθάλασσα», «Ας λέει ο νόμος ό,τι θέλει. Αν ο λαός δεν συναινεί, δεν εφαρμόζεται», «Την Εκκλησία όποιο χέρι τόλμησε να την αγγίξει, ξεράθηκε» .
Η κυβέρνηση αγνοεί τα συλλαλητήρια. Η Εκκλησία απαντά με τη συγκέντρωση υπογραφών με σκοπό να γίνει δημοψήφισμα για την αναγραφή του θρησκεύματος στις ταυτότητες.
Το 2001, η Ολομέλεια του ΣτΕ επικύρωσε την επιλογή της Πολιτείας για την απάλειψη του θρησκεύματος από τις αστυνομικές ταυτότητες.
Ο τότε πρόεδρος της Δημοκρατίας Κωστής Στεφανόπουλος βάζει τέλος στις κινήσεις για δημοψήφισμα: «Οι εκτός νομοθετημένης διαδικασίας συλλεγείσες υπογραφές δεν είναι δυνατόν να ανατρέψουν τις διατάξεις του Συντάγματος».
Συγκεντρώθηκαν περισσότερες από 2.000.000 υπογραφές. 'Ηταν τέτοια η ένταση που ο μακαριστός μητροπολίτης Χρυσόστομος πρότεινε να ιδρύσει η Εκκλησία κόμμα!!!
Μετά τις ταυτότητες Εκκλησία και Πολιτεία ήρθαν πιο κοντά με στόχο την αξιοποίηση της περιουσίας. Το 2016 με αφορμή τη συμφωνία των Πρεσπών η Εκκλησία συμμετείχε στις συγκεντρώσεις που έγιναν σε Θεσσαλονίκη και Αθήνα.
Από το 2016 και μετά η επίσημη Πολιτεία συνεργάζεται σε πολλά θέματα με την Σύνοδο και οι δύο πλευρές έρχονται πολύ κοντά. Στο θέμα των εμβολίων και της χρήσης μάσκας η Σύνοδος τάσσεται με την κυβέρνηση, επιβάλλει επιτίμια και προσπαθεί να θέσει εκτός των ταξεών της τους φανατικούς.
Αυτοί αντιδρούν, διοργανώνουν συγκεντρώσεις, προκαλούν επεισόδια σε ναούς και μοναστήρια. Κάποιοι ιεράρχες, μοναχοί, κατά κύριο λόγο, και άλλοι ζηλωτές, καθοδηγούν τους πιστούς και δημιουργείται το κίνημα των αντιεμβολιαστών.
Με την ανακοίνωση για τις νέες ηλεκτρονικές ταυτότητες το κίνημα των αντιεμβολιαστών που είναι κοντά στην Εκκλησία αντιδρά και πάλι.Καλούν τους πιστούς να μην τις παραλάβουν επικαλούμενοι προφητείες γερόντων για το χάραγμα του αντίχριστου, τις οποίες συμπληρώνουν με καταγγελίες για γεωεντοπισμό, "τσιπάρισμα" και παρακολουθήσεις των δραστηριοτήτων τους.
Η επίσημη Εκκλησία από την πλευρά της διαχωρίζει τη θέση της ζητώντας από τους πιστούς να μην παρασύρονται από επιτείδιους!!!