Σημείο αναφοράς για τους ορθοδόξους της Λιθουανίας θα είναι το Φανάρι και όχι η ρωσική Εκκλησία , όπως συνέβαινε μέχρι τώρα. Ωστόσο, τόσο κληρικοί της τοπικής Εκκλησίας όσο και κρατικοί αξιωματούχοι έχουν ζητήσει την εκκλησιαστική τους ανεξαρτητοποίηση.