Η πλούσια πολιτική δράση του Μιχάλη Χρυσοχοΐδη ως κυβερνητικού στελέχους αρχίζει το 1994, επί κυβέρνησης Ανδρέα Παπανδρέου, όταν τοποθετείται υφυπουργός Εμπορίου με υπουργό τον Κώστα Σημίτη και ακολούθως υφυπουργός Ανάπτυξης (1999-1999).
Εντολή για την άμεση επιστροφή στην Άμεση Δράση, δεκάδων αστυνομικών που είχαν διασκορπιστεί τους τελευταίους μήνες σε διάφορες υπηρεσίες ζήτησε με εντολή του ο νέος υπουργός Προστασίας του Πολίτη, Μιχάλης Χρυσοχοΐδης.
Κριτική στον Μιχάλη Χρυσοχοΐδη ασκούν με ανακοινώσεις τους κόμματα της αντιπολίτευσης, με αφορμή δηλώσεις του υπουργού Προστασίας του Πολίτη, σύμφωνα με τις οποίες δεν θα επιτραπούν ξανά συναυλίες στα Εξάρχεια, έπειτα από τα πρόσφατα επεισόδια που σημειώθηκαν το βράδυ του περασμένου Σαββάτου (12/4).
«Στο Αιγαίο υπάρχουν ροές αλλά δεν είμαστε σε περίοδο κρίσης» εξήγησε στη συνέχεια ο υπουργός Προστασίας του Πολίτη και επεσήμανε: «Υποχρεούμαστε να είμαστε αυτοδύναμοι αναφορικά με την εγγύηση των συνόρων μας».
Αποκρουστικό, απόλυτα απαράδεκτο και καταδικαστέο φαινόμενο που δεν μπορεί να γίνει ποτέ και σε καμία περίπτωση ανεκτό, χαρακτηρίζει σε δήλωσή του, τα περιστατικά επιθέσεων κατά γιατρών και νοσηλευτών σε νοσοκομειακούς χώρους, ο υπ. Υγείας Μιχάλης Χρυσοχοΐδης.