Η πλούσια πολιτική δράση του Μιχάλη Χρυσοχοΐδη ως κυβερνητικού στελέχους αρχίζει το 1994, επί κυβέρνησης Ανδρέα Παπανδρέου, όταν τοποθετείται υφυπουργός Εμπορίου με υπουργό τον Κώστα Σημίτη και ακολούθως υφυπουργός Ανάπτυξης (1999-1999).
Πολιτική διαμάχη έχει προκαλέσει το κλείσιμο του ΟΑΚΑ εξαιτίας προβλημάτων στατικότητας στο στέγαστρο Καλατράβα, ενώ η υπόθεση προκάλεσε την παρέμβαση του Εισαγγελέα που έδωσε εντολή για τη διενέργεια προκαταρκτικής έρευνας.
