Ένα κουβάρι με αντικρουόμενους ισχυρισμούς είναι η υπόθεση της «Κιβωτού του Κόσμου». Λίγο μετά την πρόταση του Εισαγγελέα για παραπομπή του πατέρα Αντωνίου σε δίκη, την εμφάνισή τους έκαναν δύο επιστολές και ένα βίντεο, που φέρονται να έστειλαν στη Δικαιοσύνη ο βασικός κατήγορος για ασέλγεια και η μητέρα του, αναιρώντας τους αρχικούς ισχυρισμούς εις βάρος του ιερέα.