Η μονή της Αγίας Πελαγίας, μετόχι της μονής Σαββατιανών, βρίσκεται στην κοίτη χειμάρρου που καταλήγει στην ομώνυμη παραλία της Αγίας Πελαγίας Αχλάδας κοντά στο Ηράκλειο. Η μονή που χρονολογείται από τον 13ο αιώνα ήταν από τις σημαντικότερες της Ενετικής Κρήτης και αναφέρεται από τους σπουδαιότερους περιηγητές της εποχής.
Ο εορτασμός της Αγίας Πελαγίας (8 Οκτωβρίου) ήταν ιδιαίτερα σημαντικός επί των Ενετών. Χαρακτηριστικό είναι ότι με διάταγμα του 1519, η 8η Οκτωβρίου καθιερώθηκε ως επίσημη αργία. Χιλιάδες πιστοί συνέρρεαν από όλη την Κρήτη και το Αιγαίο για να συμμετέχουν στο πανηγύρι της Αγίας, ως και τα μέσα του 20ου αιώνα.
Η περιοχή της Αγίας Πελαγίας τότε ήταν δύσκολα προσβάσιμη κι έτσι πολλοί ερχόταν με πλοία από το Ηράκλειο.
Στο άκρο της παραλίας της Αγίας Πελαγίας, ακριβώς κάτω από τα ερείπια του Πρυτανείου της αρχαίας Απολλωνίας, και σήμερα βλέπουμε το σπήλαιο- προσκυνητάρι της Εύρεσης. Εδώ σύμφωνα με την παράδοση βρέθηκε η εικόνα της Αγίας Πελαγίας. Κατά τη διάρκεια του πανηγυριού, δεκάδες ασθενείς έχωναν στην άμμο της παραλίας τα σημεία του σώματος τους που πονούσαν για να θεραπευτούν. Στη συνέχεια, ακολουθούσε λιτανεία της εικόνας της Αγίας Πελαγίας από τον ηγούμενο της μονής Σαββατιανών, ως το σπήλαιο της Εύρεσης.
Η αρχιτεκτονική της μονής είναι ασυνήθιστη καθώς τα κελιά των μοναχών ήταν προσαρτημένα στο ναό, κι όχι γύρω από αυτόν. Ο Gerola φωτογράφισε στις αρχές του 20ου αιώνα δύο οικόσημα των Modino ή Girardo που σήμερα βρίσκονται στη μονή Σαββατιανών. Δίπλα στη μονή υπάρχει κτιστό πατητήρι, ενώ παρακάτω συναντάμε μικρές βραχοσκεπές που χρησιμοποιούσαν οι μοναχοί ως αχυρώνες