Ιδρύθηκε στις 22 Σεπτεμβρίου του 1981 από τον Μητροπολίτη Αλεξανδρουπόλεως, Ανθιμο. Θεμελιώθηκε στις 26 Σεπτεμβρίου του 1989 και εγκαινιάσθηκε στις 21 Ιουνίου 1992.
Είναι κτισμένη σε απόσταση 11 χιλιομέτρων από την Αλεξανδρούπολη και στην κορυφή ενός λόφου, στην θέση Αετοχώρι του Δήμου Τραϊανούπολης βρίσκεται η Ιερά Μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου σε τοποθεσία των δέκα στρεμμάτων, στην οποία είναι κτισμένη η Μονή, δεν επιλέχθηκε τυχαία. Η θέα την οποία απολαμβάνει ο προσκυνητής βλέποντας τη θάλασσα είναι απεριόριστη τα νησιά Ίμβρος, Τένεδος και Σαμοθράκη αλλά και η κορυφή του όρους Άθω είναι ορατά.
Ο Ναός ο οποίος τιμάται στον Απόστολο και Ευαγγελιστή Ιωάννη το Θεολόγο, είναι βυζαντινού ρυθμού, έχοντας σχήμα εγγεγραμμένου ισοσκελούς σταυρού με τρούλο το βάρος του οποίου συγκρατούν τέσσερα τόξα που με τη σειρά τους στηρίζονται σε δύο κίονες και δύο πεσσούς. Στις δύο κεραίες του σταυρού βόρια και νότια έχουν σχηματισθεί κόγχες, που μαζί με αυτήν του Ιερού Βήματος δημιουργούν το τρίκωγχο σχήμα.
Στα κειμήλια της Μονής συγκαταλέγονται μία εικόνα της Υπεραγίας Θεοτόκου του 1786 δώρο του ιδρυτή της Μονής Μητροπολίτη Αλεξανδρουπόλεως Ανθίμου. Τεμάχια Ιερών Λειψάνων των Πέντε Νεομαρτύρων από την Σαμοθράκη που μαρτύρησαν στην Μάκρη Έβρου το 1835. Τεμάχιο του Αγίου Χαραλάμπους, του Αγίου Παντελεήμονος κ.α.
Η Ιερά Μονή διαθέτει ξενώνα όπου κάθε χρόνο φιλοξενούνται περίπου 700 προσκυνητές. Διαθέτει επίσης συνεδριακό κέντρο 110 ατόμων με πλήρη εξοπλισμό όπου διοργανώνονται συνέδρια με διεθνή συμμετοχή. Η πνευματική κυρίως δραστηριότητα της Μονής αποτελεί πόλο έλξης για τους πιστούς μιας ευρύτερης περιοχής και εκτός τον ορίων της Μητροπόλεως.