Η ιστορία της Ιεράς Μονής είναι σύντομη. Οι ρίζες της όμως ξεκινούν πριν από 240 χρόνια. Ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός επισκέπτεται την Αρναία και τη Χαλκιδική το 1775.
Η ανάμνηση αυτής της επισκέψεως σώζεται ακόμη και σήμερα ζωντανή στη συνείδηση των χριστιανών του τόπου. Μνημεία της διαβάσεως του Αγίου είναι το προσκυνητάρι κάτω από τη Μαθητική Εστία και η εικόνα, που αναγράφει την προφητεία του Αγίου για την απελευθέρωση της Αρναίας.
Από τότε ο Άγιος έθεσε την περιοχή του Χολομώντα, σύμφωνα με τους ντόπιους, υπό την ευλογία του. «Οι ποδιές του Χολομώντος θα ελευθερωθούν αναιμωτί. Θα κοιμηθούν δούλοι και το πρωΐ θα εξυπνήσουν ελεύθεροι».
Η προφητεία εκπληρώθηκε, και το 1912 η Αρναία απελευθερώθηκε «αναιμωτί», κατά την προφητεία του Αγίου.
Ο Άγιος έκανε την εμφάνισή του στις 23 Ιουλίου 1943, την ημέρα που έμπαιναν οι Βούλγαροι στην Αρναία. «Μη φοβάστε, θα σας φυλάξω εγώ, δεν θα πάθετε τίποτα».
Στον τόπο της εμφανίσεως το 1952 κτίστηκε το Εξωκκλήσι.
Το Μοναστήρι θεμελιώθηκε στις 22 Αυγούστου 1999, κοντά στον τόπο της εμφανίσεως του Αγίου. Τα Θυρανοίξια τελέστηκαν στις 23 Ιουλίου 2001.
Η Μονή είναι Γυναικεία Κοινοβιακή. Κύριο διακόνημα της είναι οι εκδόσεις βιβλίων.
Απέχει 2 χιλιόμετρα από την κωμόπολη της Αρναίας και βρίσκεται σε ωραιότατο μαγευτικό φυσικό τοπίο, στις Ν.Α. πλαγιές του Χολομώντα, αγναντεύοντας το Άγιον Όρος. Η Αρναία απέχει 75 χιλιόμετρα από τη Θεσσαλονίκη και έχει τακτική συγκοινωνία.
Εορτάζει στις 23 Ιουλίου, ημέρα της εμφανίσεως του Αγίου και στις 24 Αυγούστου, ημέρα του μαρτυρίου του. Στις 23 Αυγούστου, μετά τον Πανηγυρικό Εσπερινό, γίνεται κάθε χρόνο Συνέδριο προς τιμή του Αγίου Κοσμά.