Έπειτα από επτά χρόνια στο Θρόνο της Μητρόπολης Ανδριανουπόλεως ο μητροπολίτης και εκπρόσωπος του Γραφείου του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα κ. Αμφιλόχιος υπέβαλε την παραιτησή του στον κ. Βαρθολομαίο για λόγους υγείας η οποία έγινε αποδεκτή.
Η περίπτωση του κ. Αμφιλόχιου δεν είναι απλή καθώς ήταν ο εκλεκτός του Φαναρίου αρχικά για τη θέση της μητρόπολης Ιωαννίνων και στη συνέχεια για το Γραφείο των Αθηνών μέσω της Ανδριανούπολης.
Η παραιτησή του ανοίγει νέο κύκλο διεργασιών για του γραφείο της Αθήνας όπου είχε διαδεχτεί τον μητροπολίτη Περγάμου, κ. Ιωάννη, ο οποίος είχε κρατήσει σχετικά χαμηλούς τόνους.
Ο μητροπολίτης Αμφιλόχιος ήταν κοντά στον κ. Ιερώνυμο ο οποίος με την εκλογή του στον Αρχιεπισκοπικό θρόνο τον τοποθέτησε στη θέση του ειδικού Συμβούλου στα θέματα της Αρχιγραμματείας της Ιεράς Συνόδου. Η θέση ήταν σημαντική αλλά εξωθεσμική.
Με την κοίμηση του μητροπολίτη Ιωαννίνων μακαριστού Θεόκλητου ο ίδιος ο Βαρθολομαίος ζήτησε από τον Ιερώνυμο να εκλεγεί ο Αμφιλόχιος, αίτημα το οποίο απορρίφθηκε .
Δεν πέρασε όμως πολύς καιρός και ο Βαρθολομαίος τον εξέλεξε ως μητροπολίτη Ανδριανουπόλεως και ταυτόχρονα τον τοποθέτησε στη θέση του διευθυντή του Γραφείου της Εκπροσώπησης του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα, στη θέση του μητροπολίτη Περγάμου κ. Ιωάννη.
Οι σχέσεις Αμφιλόχιου -Ιερώνυμου δεν ήταν καλές και εντάθηκαν μετά την υπόθεση του ναού του Αγίου Γεωργίου του Κτήματος Προμπονά ο οποίος δόθηκε στο Φανάρι αλλά στην πορεία πέρασε στην Αρχιεπισκοπή από τον Δήμο Αθηναίων.
Το θέμα του Γραφείου Αθηνών του Πατριαρχείου ήταν από τα μεγάλα αγκάθια στις σχέσεις του μακαριστού αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου και του Ιερώνυμου καθώς η ελλαδική Εκκλησία δεν ήθελε να συμβεί αυτό προκειμένου να αποφεύγονται παρεμβάσεις...