Ένα κουβάρι με αντικρουόμενους ισχυρισμούς είναι η υπόθεση της «Κιβωτού του Κόσμου». Λίγο μετά την πρόταση του Εισαγγελέα για παραπομπή του πατέρα Αντωνίου σε δίκη, την εμφάνισή τους έκαναν δύο επιστολές και ένα βίντεο, που φέρονται να έστειλαν στη Δικαιοσύνη ο βασικός κατήγορος για ασέλγεια και η μητέρα του, αναιρώντας τους αρχικούς ισχυρισμούς εις βάρος του ιερέα.
Ο εισαγγελέας Πρωτοδικών Αθηνών, καλεί ως ύποπτους τέλεσης απιστίας, υπεξαίρεσης και ξεπλύματος βρώμικου χρήματος τον ιδρυτή της Κιβωτού του Κόσμου και την πρεσβυτέρα
Το ζευγάρι φέρεται να ζούσε με χρήματα της ΜΚΟ, ενώ ταυτόχρονα εμφανίζονται αγορές ακινήτων από τον πατέρα Αντώνιο που θεωρούνται ύποπτες, ενώ για αλλά δύο πρόσωπα φέρεται να προέκυψαν «ύποπτα» ποσά
