Η Μονή Παναγίας Φανερωμένης Ιεράπετρας, γνωστή και ως «Παναγία Γουρνιών», βρίσκεται κτισμένη στην πλαγιά βουνού παραφυάδας της Δίκτης, νοτιοδυτικά της Παχείας Άμμου του Δήμου Ιεράπετρας πάνω από την Μινωϊκή πόλη Γουρνιά και σε υψόμετρο 540 μέτρων. Από τη Μονή εκτείνεται σε πανοραμική άποψη η πόλη του Αγίου Νικολάου και ο όμορφος κόλπος του Μεραμβέλλου με τις γραφικές ακτές και τα νησάκιά του.
Σύμφωνα, όμως, με όλες τις ιστορικές πηγές και τις χρονολογικές ενδείξεις το Μοναστήρι πιθανόν ιδρύθηκε κατά τη νεοβυζαντινή περίοδο (961-1204), νωρίτερα δηλ. από την κατάληψη της Κρήτης από τους Ενετούς το έτος 1211.
Από τις αρχές, τουλάχιστον, του 13ου αι. η Μονή απετέλεσε το ευλαβικό προσκύνημα, το θαυματουργό καταφύγιο και την προστασία των κυνηγημένων Χριστιανών της περιφέρειας και ολόκληρης της Κρήτης. Ήταν ο απόμερος μυστικός τόπος των επαναστατικών συνελεύσεων, στις οποίες παρακάθεται και παρεδρεύει η αόρατος παρουσία της Κυρίας Θεοτόκου Φανερωμένης.
Σύμφωνα με το ιστορικό που περιγράφει ο Β. Ψιλλάκης στην ιστορία του, μετά που ο νικητής Γενουάτης Πισκατόρε το 1204 κατέκτησε την Κρήτη και την πούλησε στους Ενετούς το 1211, οι Κρητικοί συσπειρώθηκαν γύρω από τον Αλέξιο Καλλέργη και το έτος 1282 επαναστάτησαν εναντίον των Ενετών. Και ενώ όλα έδειχναν ότι οι επαναστάτες θα επικρατούσαν των κατακτητών, οι Γενουάτες πρότειναν στον Καλλέργη σημαντική βοήθεια μέσω του Ναυάρχου Δόρια, χωρίς να απαιτούν κανένα αντάλλαγμα.
Ο Αλέξιος όμως αρνήθηκε, και έτσι δημιουργήθηκε σάλος στους επαναστάτες αρχηγούς και χαλαρώθηκε σοβαρά η ενότητα, που επιβαλόταν λόγω των περιστάσεων. Δημιουργήθηκαν φατρίες και οι μισοί υποστήριζαν την υποταγή στούς Γενουάτες και οι άλλοι μισοί συμφωνούσαν με τον Καλλέργη, ενώ μερικοί υπαρχηγοί του άρχιζαν να αποχωρούν από το σώμα του.
Μέσα σ' αυτήν την ατμόσφαιρα ο Ηγούμενος της Μονής Φανερωμένης Ιεραπέτρας κάλεσε όλους τους διϊστάμενους οπλαρχηγούς την Κυριακή των Βαΐων του 1293 στον Ναό της Μονής. Αφού μετάλαβαν τα Άχραντα Μυστήρια τους έκλεισε στην Εκκλησία και την μετέτρεψε σε κοινοβούλιο υπό την προεδρία του. Υπήρξαν έντονες διενέξεις και διαπληκτισμοί και ο εξεγειρόμενος όχλος εισήλθε στην εκκλησία κρατώντας τη σημαία του αυτοκράτορα του Βυζαντίου Ανδρόνικου Παλαιολόγου.
Οι αρχηγοί έφυγαν και έμειναν μόνο επτά από τα αγροτικά διαμερίσματα. Σε λίγο βγήκαν από τον ναό άδοντες μετά βαΐων και κλάδων τα νικητήρια και ορκίστηκαν πίστη και υποταγή στον Ανδρόνικο και τον επευφημούσαν. Ο Ηγούμενος ευλόγησε τη σημαία και την τοποθέτησαν δίπλα στον Εσταυρωμένο. Το χρονικό αυτό, άσχετα από το αποτέλεσμα της Συνάξεως -οι επαναστάστες, δυστυχώς, διασπάσθηκαν σε πέντε διαφορετικά κόμματα- μαρτυρεί πως η Μονή είναι η αρχαιότερη της Ανατολικής Κρήτης και διαδράματιζε συντονιστικό ρόλο σε κρίσιμες περιστάσεις για το έθνος.
Η Μονή, λόγω της στρατηγικής θέσεώς της σε δυσπρόσιτη πλαγιά και σε σημείο που δεσπόζει, αποτέλεσε το φρούριο και την αφετηρία των αγωνιστών Χριστιανών Επαναστατών της επαρχίας κατά του μακρόχρονου τουρκικού ζυγού. Συνδέθηκε άμεσα με τους σκληρούς και δύσκολους απελευθερωτικούς αγώνες και υπήρξε το κρυσφύγετο και το ορμητήριο των αρχηγών αγωνιστών και ο χώρος συνεδριάσεών τους, στον οποίο ελήφθησαν ιστορικής σημασίας αποφάσεις.
Ενδεικτικό του αμυντικού χαρακτήρα είναι η οπή πάνω από το ανώθυρο της κεντρικής εισόδου, γνωστή ως
Από το έτος 1839 που ανέλαβε Ηγούμενος ο Χατζή Γεράσιμος η Μονή ανακαινίζεται και αρχίζει να οργανώνεται και να γίνεται περισσότερο γνωστή. Ο δραστήριος Γεράσιμος διαμορφώνει τη σπηλαιώδη Εκκλησία στη μορφή που είναι σήμερα και την εξοπλίζει με τέμπλα και εικόνες. Προεσελκύει επισκέπτες στη Μονή οι οποίοι αφιερώνουν διάφορα τιμαλφή αντικείμενα και κτήματα. Αγοράζει κτήματα και θέτει τις βάσεις για την οικονομική της ανάπτυξη.
Οι μοναχοί της Ιεράς Μονής Φανερωμένης δίδασκαν ανάγνωση και γραφή όχι μόνο στούς νέους που είχαν βρει καταφύγιο στο Μοναστήρι αλλά και στα παιδιά των γύρω χωριών. Παρότι ο τούρκος κατακτητής είχε απαγορεύσει τη λειτουργία σχολείων, ελπίζοντας ότι μ᾽ αυτό τον τρόπο θα έσβηνε η φλόγα της επαναστάσεως, στην Ιερά Μονή Φανερωμένης λειτούργησε ένα από τα πρώτα κρυφά σχολεία της Κρήτης.
Στο σχολειό αυτό φοίτησε και η θρυλική Ροδάνθη, η κόρη του πρωτόπαππα της Κριτσάς, που έγινε αργότερα το «πρωτοπαλήκαρο» του οπλαρχηγού Καζανομανώλη.
Κατά την Γερμανοϊταλική κατοχή εύρισκαν καταφύγιο και είχαν ως ορμητήριό τους τη Μονή πολλοί διωκόμενοι και αντιστασιακοί πατριώτες. Οι πατέρες και οι βοσκοί της Φανερωμένης έκρυβαν στα σπήλαια της γύρω περιοχής τους άντρες των συμμαχικών στρατευμάτων, τους παρείχαν άσυλο και τους βοηθούσαν να διαφύγουν στην Αίγυπτο.