Ο αθλητής και τότε συνεργάτης της «Κιβωτού», Χρόνης Χλίτσιος, κατήγγειλε ότι τρία παιδιά που φιλοξενούνταν στη δομή, ξυλοκοπήθηκαν άγρια από στέλεχος του οργανισμού που τότε υπηρετούσε στην Αθήνα
Η μητέρα ενός από τα παιδιά που υπέστησαν απαξιωτική και βάναυση μεταχείριση στην Κιβωτό του Κόσμου κατέθεσε στη δίκη του πατρός Αντωνίου και επτά πρώην εργαζομένων στον ΜΚΟ.