Σοκάρουν οι αποκαλύψεις για τον τρόπο λειτουργίας της "Κιβωτού του Κόσμου" καθώς εκατοντάδες είναι πλέον οι καταγγελίες που φτάνουν στις αρχές.
Τελευταία εξετάζεται και η περίπτωση οικονομικής βοήθειας στη δομή από την Αμερική. Σύμφωνα με πληροφορίες, στην Κιβωτό μέσω πρώην πρέσβη των ΗΠΑ στην Αθήνα ενισχύονταν το έργο του π. Αντώνιου. Εκτός των ΗΠΑ, υπάρχουν πληροφορίες και για βοήθεια από άλλες χώρες.
Η εξέλιξη αυτή έχει μπει στο στόχαστρο των αρχών οι οποίες στηρίζουν πολλά για το ξεκαθάρισμα της υπόθεσης και στους τοπικούς μητροπολίτες όπου λειτουργούν οι δομές.
Με αφορμή τα τιμολόγια που βρέθηκαν σε κάδους σε Καλαμάτα και Χίο υπάρχουν πληροφορίες σύμφωνα με τις οποίες έχουν καεί ή καταστραφεί σημαντικά έγγραφα.
Οι μητροπολίτες των περιοχών που είναι οι δομές μπορεί να δηλώνουν άγνοια αλλά και σε αυτές συγκεντρώνονται πληροφορίες για όλα όσα συνέβαιναν .
Ο μητροπολίτης Μεσσηνίας κ. Χρυσόστομου ανέφερε ότι ο π. Αντώνιος απέφευγε κάθε επαφή μαζί του τονίζονας πως «ο τρόπος με τον οποίο γινόταν η διαχείριση ήταν προσωπικός και ατομικός και δεν ελεγχόταν από κανέναν. Ποιος ελέγχει τα χρήματα και την περιουσία που αποκτήθηκε. Ο π. Αντώνιος εκμεταλλεύτηκε τη θέση του με επίφαση το ράσο - Δεν ήθελε ανάμειξη της Εκκλησίας».
Κατά του τρόπου δράσης του π. Αντωνίου αναφέρθηκε και ο μητροπολίτης Σιδηροκάστρου Μακάριος ο οποίος σε άρθρο του υποστηρίζει πως προσπάθησε να μιλήσει μαζί του χωρίς αποτέλεσμα: "Παλαιότερα, πριν χρόνια, επεχειρήσαμε μια επικοινωνία αλλά απαξιωθήκαμε από έναν αυτονομημένο λειτουργικά, ελεύθερο ποιμαντικά και ανεξάρτητο οικονομικά, λειτουργό του Υψίστου.
Κάποιες φορές ομολογώ πως τον ζηλεύαμε για το έργο του. Πως κατόρθωσε να φτάσει τόσο ψηλά ένας νέος κληρικός. Να κάνει τόσο έργο, να συγκεντρώνει γύρω του τόσο κόσμο, να είναι περιζήτητος απ’ όλους, να τρέχουν ξοπίσω του πολιτικοί, ηθοποιοί, καλλιτέχνες, αθλητές, τραγουδιστές".
Ο κ. Μακάριος μάλιστα εκφράζει την πικρία του γιατί όπως αναφέρει "αν και δουλεύουμε 45 χρόνια ασταμάτητα και παρά το ότι έχουμε τόσους γύρω μας, κανείς δε μας θαυμάζει, κανείς δε μας κοιτάζει όπως τον π. Αντώνιο. Απεναντίας, και μας κρίνουν άδικα.
Στα 45 χρόνια μας, ουδείς έκανε για μας και τα Ιδρύματά μας έναν τηλεμαραθώνιο. Και στον π. Αντώνιο έκαναν και 2 και 3 φορές το χρόνο τα κανάλια μας που έχουν δυνάμεις και δυνατότητες πολλές.
Είχαμε ένα παράπονο, αλλά μας ηρεμούσε το γεγονός και λέγαμε ότι είναι «έξυπνος άνθρωπος». Αφού το καταφέρνει, καλά κάνει και καλά του κάνουν. Ήταν και είναι αξιέπαινος".
Ο μητροπολίτης μιλάει και για τον τρόπο με τον οποίο χειρίστηκαν το θέμα τα ΜΜΕ:
«Ποιος εξέθρεψε το φαινόμενο «Κιβωτός του Κόσμου»; Πάντως όχι εγώ, ούτε η Εκκλησία. Τα Μέσα Ενημερώσεως τον έκαναν Θεό. Όχι όλοι εμείς. Εμείς παρασυρθήκαμε και τρέχαμε πίσω από τα άρματα εκείνων που συνέτασσαν διθυράμβους και τώρα κατάρες. Ποιος τολμούσε να πει κάτι εναντίον; Θα γινόταν βορά όλων για να τον κατασπαράξουν».
Ωστόσο εκφράζει τον προβληματισμό του γιατί το θέμα πήρε διαστάσεις αυτή την περίοδο:
"Τα Μ.Μ.Ε. τώρα διεκτραγωδούν τα πράγματα. Καλούν μάρτυρες κατηγορίας να τρέξουν να πουν τα σκάνδαλα του Ιερέως στην τηλεόραση για να έχει μεγαλύτερο ενδιαφέρον η δίκη στην αρένα του Κολοσσαίου. Επί 45 λεπτά με το ρολόι, κανάλι τον είχε πρώτη είδηση. Γιατί; Ποιοι σκοποί επιδιώκονται; Και είναι λυπηρό που εμφανίσθηκαν κάποιες μάνες, δύο είδα εγώ, να ζητούν να δουν τα παιδιά τους που τα χτυπούσαν αλύπητα. Ποια μάνα βλέπει γρατσουνιά στο παιδί της και δεν το αρπάζει αυτοστιγμί για να πάει να καταγγείλει το γεγονός στον εισαγγελέα; Μήπως είχαν εισαγγελική παραγγελία που τους απαγόρευε να δουν τα παιδιά τους; Να μας πουν ποιος χτυπούσε ποιον. Κι ένας Σύριος μεταφραστής που είπε σε πρωινό λαϊκό ρεπορτάζ ότι τώρα με την αλλαγή του Διοικητικού Συμβουλίου επί λέξει «θα τρώμε χαβιάρι» γιατί κάποιο μέλος του έχει 162 καράβια και μια κιβωτό 163 λέω εγώ. Μα είμαστε σοβαροί; Γιατί δεν αφήνετε τη δικαιοσύνη να λειτουργήσει αμερόληπτα;
Εμείς θέλουμε να ρωτήσουμε: Ο κληρικός αυτός που πάντα ήταν ξεσκούφωτος, δείγμα του ανυπότακτου χαρακτήρα του και της εξόδου του από την υπακοή του, την Μητρόπολή του, την Αρχιεπισκοπή του, δεν έκανε κανένα καλό; Ξημέρωσε η καινούργια μέρα και εκεί που ήταν όλα καλά και ωραία και άγια, στράβωσαν σε μια στιγμή; Μα πώς γίνεται; Άρα γίνονται και θαύματα".