Στον αντίποδα της απόφασης του Συμβουλίου Εφετών Πειραιά κινήθηκε το Ε΄ Ποινικό Τμήμα του Αρείου Πάγου, το οποίο έκανε δεκτή την αναίρεση κατά του βουλεύματος που επέτρεπε την υφ’ όρον απόλυση του Αλέξανδρου Γιωτόπουλου. Το ανώτατο δικαστήριο έκρινε ότι δεν πληρούνται οι απαραίτητες νόμιμες προϋποθέσεις για την αποφυλάκισή του και ανέπεμψε την υπόθεση πίσω στο δικαστικό συμβούλιο για νέα κρίση.
Οι αρεοπαγίτες στήριξαν την απόφασή τους τόσο σε νομικά όσο και σε ουσιαστικά κριτήρια. Στο νομικό σκέλος, ερμηνεύοντας τις διατάξεις του ισχύοντος Ποινικού Κώδικα για τους πολυϊσοβίτες, ξεκαθάρισαν ότι ο νόμος προβλέπει πλέον ρητά την υποχρεωτική πραγματική έκτιση 25 ετών, ρύθμιση που καλύπτει αναδρομικά και εγκλήματα που τελέστηκαν πριν από τον Ιούλιο του 2019. Παράλληλα, απέρριψαν το επιχείρημα για εφαρμογή της ευμενέστερης νομολογίας των προηγούμενων ετών, τονίζοντας ότι η αρχή του ευμενέστερου νόμου αφορά τη σύγκριση νομοθετικών διατάξεων και όχι δικαστικών ερμηνειών που κάλυπταν κενά του παρελθόντος.
Στο ουσιαστικό σκέλος, ο Άρειος Πάγος έκρινε ότι το εφετιακό βούλευμα στερούνταν της απαιτούμενης ειδικής και εμπεριστατωμένης αιτιολογίας. Σύμφωνα με το σκεπτικό, η συνεπής χρήση των αδειών, η απουσία πειθαρχικών παραπτωμάτων και η ολοκλήρωση των πανεπιστημιακών σπουδών του Γιωτόπουλου συνιστούν απλώς μια «εξωτερικά καλή συμπεριφορά» και όχι την απαιτούμενη «καλή διαγωγή», η οποία προϋποθέτει την εσωτερική και ουσιαστική αποδοχή των κανόνων του κράτους δικαίου. Οι σπουδές του, αν και αποδεικνύουν τη θέλησή του να παραμείνει λειτουργικός στη φυλακή, δεν τεκμηριώνουν από μόνες τους ηθική βελτίωση ή σωφρονισμό.
Τέλος, το δικαστήριο εστίασε στην παντελή έλλειψη μεταμέλειας, σημειώνοντας ότι ο κατάδικος για τη δράση της «17 Νοέμβρη» ουδέποτε αποδέχθηκε τις πράξεις του ούτε εξέφρασε ειλικρινή μετάνοια, ώστε να πιστοποιηθεί η αποκοπή του από το εγκληματικό παρελθόν. Αντίστοιχα, κρίθηκε ελλιπής η αιτιολόγηση του Εφετείου σχετικά με τις δημόσιες επιστολές και παρεμβάσεις του Γιωτόπουλου, καθώς δεν τεκμηριώνεται πώς αυτές συνδέονται με μια πραγματική μεταστροφή της στάσης του απέναντι στην έννομη τάξη.