Ομόφωνα αθώοι για το σύνολο των κατηγοριών που τους αποδίδονταν κρίθηκαν από το Τριμελές Πλημμελειοδικείο Ιωαννίνων ο ιδρυτής της «Κιβωτού του Κόσμου», πατέρας Αντώνιος Παπανικολάου, η πρώην διευθύντρια της δομής των Ιωαννίνων, Ανδριανή Θεοδωρακοπούλου, και ο παιδαγωγός Πασχάλης Σκορδάς.
Η απαλλακτική απόφαση εκδόθηκε έπειτα από πολύμηνη ακροαματική διαδικασία, υιοθετώντας την αντίστοιχη πρόταση του εισαγγελέα, καθώς κρίθηκε ότι καμία από τις αποδιδόμενες πράξεις σωματικής βλάβης, παράνομης κατακράτησης και βίας δεν αποδείχθηκε.
Μετά την ανακοίνωση της απόφασης, οι συνήγοροι υπεράσπισης Δημήτριος Δήμος, Χριστίνα Μάστορα και Γεώργιος Γεωργίου υπογράμμισαν ότι οι κατηγορίες κατέρρευσαν πλήρως και όχι λόγω αμφιβολιών, τονίζοντας πως η Δικαιοσύνη έκρινε με βάση τα αποδεικτικά στοιχεία και όχι τις εντυπώσεις.
Παράλληλα, στηλίτευσαν την παραβίαση του τεκμηρίου αθωότητας τα προηγούμενα χρόνια, καταγγέλλοντας ότι οι εντολείς τους αντιμετωπίστηκαν δημόσια ως ένοχοι πριν δικαστούν, ενώ κάλεσαν τα μέσα ενημέρωσης να δώσουν στην αθώωσή τους την ίδια δημοσιότητα που είχαν δώσει στις αρχικές διώξεις.
Διευκρινίζεται, πάντως, ότι η συγκεκριμένη απόφαση αφορά αποκλειστικά τις κατηγορίες που εξετάστηκαν στη δίκη των Ιωαννίνων και δεν επηρεάζει άλλες εκκρεμείς δικαστικές διαδικασίες.
Από την πλευρά του, ο πατέρας Αντώνιος εξέφρασε την ανακούφισή του για την έκβαση της δίκης, δηλώνοντας ότι η μεγαλύτερη ικανοποίησή του έγκειται στη δικαίωση του έργου της «Κιβωτού του Κόσμου», το οποίο χαρακτήρισε ακηλίδωτο.
Ο ιδρυτής της οργάνωσης ευχαρίστησε τη Δικαιοσύνη και αναφέρθηκε στη στήριξη που έλαβε από τον κόσμο καθ' όλη τη διάρκεια της περιπέτειάς του, σημειώνοντας πως η απόφαση αυτή αποκαθιστά την τιμή της προσφοράς των εθελοντών και των ανθρώπων που στάθηκαν στο πλευρό της οργάνωσης από το 1998.