Την ενοχή του πατέρα Αντωνίου και τεσσάρων συνεργατών του πρότεινε η εισαγγελέας του Τριμελούς Εφετείου Πλημμελημάτων, κατά τη διάρκεια της δευτεροβάθμιας εκδίκασης για την υπόθεση των σωματικών κακοποιήσεων στις δομές της «Κιβωτού του Κόσμου». Η εισαγγελική πρόταση περιέγραψε τον ιδρυτή της οργάνωσης ως το απόλυτο κέντρο λήψης αποφάσεων, απορρίπτοντας τους ισχυρισμούς του περί άγνοιας για τις τιμωρητικές πρακτικές που εφαρμόζονταν στους ανήλικους φιλοξενούμενους.
Σύμφωνα με την εισαγγελέα, ο Αντώνιος Παπανικολάου ήταν ο «εν τοις πράγμασι ηγέτης», από τα χέρια του οποίου περνούσαν όλες οι σημαντικές αποφάσεις για τη λειτουργία των δομών. Ιδιαίτερη έμφαση δόθηκε σε περιστατικό ακραίας απομόνωσης ανηλίκου στον Βόλο, με την εισαγγελέα να υπογραμμίζει ότι ο πατέρας Αντώνιος γνώριζε και συμμετείχε στη λήψη των μέτρων αυτών, τα οποία προκάλεσαν βαθύ ψυχικό πόνο στο παιδί. Για την πράξη αυτή, καθώς και για περιστατικά ξυλοδαρμών, προτάθηκε η ενοχή του ιδρυτή και των αρμόδιων παιδαγωγών για βαριά σωματική βλάβη.
Η εισαγγελική αγόρευση στάθηκε επίσης σε φωτογραφικό υλικό που παρουσίασε η υπεράσπιση για να αμφισβητήσει τους τραυματισμούς ενός ανηλίκου. Η εισαγγελέας χαρακτήρισε τη φωτογραφία αναξιόπιστη, σημειώνοντας ότι ελήφθη από τον ίδιο τον κατηγορούμενο με σκοπό τη συγκάλυψη των πράξεών του, ενώ άφησε ανοιχτό το ενδεχόμενο ψηφιακής επεξεργασίας της.
Παρά την πρόταση καταδίκης για τον πυρήνα της οργάνωσης, η εισαγγελέας εισηγήθηκε την αθώωση δύο κατηγορουμένων στη δομή της Χίου, καθώς και την απαλλαγή για ορισμένα επιμέρους περιστατικά που δεν στοιχειοθετήθηκαν επαρκώς. Η δίκη συνεχίζεται, με το ενδιαφέρον να στρέφεται πλέον στην τελική απόφαση του δικαστηρίου για την τύχη των υπευθύνων της οργάνωσης.