Το εκκλησάκι στη Κέρο, αφιερωμένο στην Παναγία κτίστηκε από τρείς μοναχούς.Ανήκαν στο μοναστήρι της Παναγίας της Χοζοβιώτισσας της Αμοργού.
Εγκαταστάθηκαν σε μετόχι του μοναστηριού στην Κέρο, έκτισαν τα κελιά τους, μία τράπεζα και το εκκλησάκι ζώντας κυρίως με τη βοήθεια των κατοίκων των γύρω νησιών.
Το 1820, επί τουρκοκρατίας, ένας Έλληνας από το Κρανίδι που έγινε μουσουλμάνος πειρατής, ο αποκαλούμενος Τουρκοδημήτρης, έκανε επιδρομή στα Κουφονήσια, την Σχοινούσα και στην Κέρο. Οι λίγοι κάτοικοι που ήταν παρόντες και βοηθούσαν τους μοναχούς, αντιστάθηκαν και σκοτώθηκαν.
Ο Τουρκοδημήτρης μετέφερε τους μοναχούς σε ύψωμα, στο παλιό κάστρο και τους θανάτωσε ρίχνοντάς τους σε γκρεμό. Κατόπιν κατέστρεψε το εκκλησάκι.
Στις επιχειρήσεις, ενάντια των πειρατών, του ναυάρχου Μιαούλη στο Αιγαίο, αιχμαλωτίζονται ή βυθίζονται 115 πειρατικά πλοία. Μεταξύ αυτών του πειρατή Τουρκοδημήτρη.
Το μετόχι της Κέρου νοικιάστηκε για βοσκοτόπι. Οι βοσκοί έκτισαν ξανά το εκκλησάκι της Παναγίας στην ίδια θέση με το προηγούμενο. Λιτό χωρίς τρούλο, με πέτρινους τοίχους και σκεπή από κονταρίδες και πηλόχωμα. Τοποθετήθηκαν 3 εικόνες, της Παναγίας, του Αγίου Γεωργίου και του Αγίου Νικολάου, όπου σώζονται μέχρι σήμερα.