Βασική επιδίωξη μιας μελλοντικής μεταρρύθμισης του διέποντος την ανώτατη εκπαίδευση θεσμικού πλαισίου πρέπει να αφορά στην ολοκλήρωση της αυτοδιοίκησης των Α.Ε.Ι. για αμιγώς ακαδημαϊκά ζητήματα (εκπαιδευτική πολιτική, πρόσληψη, αξιολόγηση και ανάδειξη του διδακτικού προσωπικού, έρευνα, μεταπτυχιακά, κλπ.).
Η ολοκλήρωση της αυτοδιοίκησης των Α.Ε.Ι. αναδεικνύει ως μέγιστη προτεραιότητα το συντονισμό των επιμέρους πανεπιστημιακών διοικήσεων, των οποίων το θεσμικό βάρος και οι αρμοδιότητες αντικειμενικά θα αυξηθούν.
Προτείνεται η ίδρυση ενός Εθνικού Οργανισμού Ανώτατης Εκπαίδευσης (στο εξής ΕΟΑΕ). Στο πλαίσιο του ως άνω Οργανισμού λειτουργεί το Εθνικό Συμβούλιο Ανώτατης Εκπαίδευσης με Πρόεδρο, τον Πρόεδρο του ΕΟΑΕ και μέλη τους ενίοτε Πρυτάνεις των ελληνικών Α.Ε.Ι. (στο εξής ΕΣΑΕ). Το ΕΣΑΕ έχει αποφασιστικές αρμοδιότητες για θέματα εκπαιδευτικής πολιτικής, ενώ για ζητήματα χρηματοδότησης και μη διδακτικού προσωπικού των Α.Ε.Ι. θα παρέχει προς τον Υπουργό Εθνικής Παιδείας υποχρεωτικές γνωμοδοτήσεις. Το ΣΑΠ καταργείται.
Συνεπώς ο ΕΟΑΕ θα έχει δύο βασικές κατηγορίες αρμοδιοτήτων :
Α) ΑΠΟΦΑΣΙΣΤΙΚΕΣ, για εν γένει ζητήματα εκπαιδευτικής πολιτικής. Ενδεικτικά, θα μπορούσε ο ΕΟΑΕ να αναλάβει τον κατά το άρθρο 6 Δ παρ. 9 Ν. 2083/1992 έλεγχο νομιμότητας για την εκλογή μελών ΔΕΠ. Επίσης, θα μπορούσε να λειτουργεί ως Κεντρικό Πειθαρχικό Όργανο για μέλη ΔΕΠ. Τέλος, θα μπορούσε με τη σύσταση ειδικής ελεγκτικής υπηρεσίας να προβαίνει σε τακτικούς και εκτάκτους διαχειριστικούς ελέγχους των ΑΕΙ. Στον ΕΟΑΕ θα μπορούσε να ενταχθεί και η λειτουργία του ΔΙΚΑΤΣΑ. Επίσης, το ΕΟΑΕ θα μπορούσε να αποφασίζει και για τις μεταγραφές φοιτητών. Βασική όμως αρμοδιότητα του ΕΟΑΕ θα είναι η χάραξη της γενικής εκπαιδευτικής πολιτικής των ΑΕΙ, ιδίως στους τομείς των προπτυχιακών και μεταπτυχιακών σπουδών (π.χ. καθορισμός αριθμού εισακτέων). Η αποφασιστική αρμοδιότητα θα ασκείται προεξέχοντος, αν όχι αποκλειστικώς, από το ΕΣΑΕ.
Β) ΓΝΩΜΟΔΟΤΙΚΕΣ, για ζητήματα λειτουργίας των Α.Ε.Ι., για τα οποία μέχρι σήμερα αποφάσιζαν η Κυβέρνηση και ο Υπουργός Εθνικής Παιδείας. Δέχεται κατ’ αρχήν τις γνωμοδοτικές αρμοδιότητες του ΣΑΠ, διευρυμένες και σε ζητήματα οικονομικής ενίσχυσης και διοικητικής συγκρότησης και λειτουργίας των ΑΕΙ.
Ο ΕΟΑΕ θα έχει το χαρακτήρα ανεξάρτητης διοικητικής αρχής με συντονιστικές, ελεγκτικές και πειθαρχικές αρμοδιότητες. Επικεφαλής θα είναι ο Πρόεδρος, τον οποίο διορίζει ο Υπουργός Εθνικής Παιδείας με τριετή θητεία. Να διερευνηθεί / διεκδικηθεί η δυνατότητα η Σύνοδος των Πρυτάνεων να μπορεί να υποβάλλει κατάλογο (μέχρι τριών ας πούμε) υποψηφίων, οι οποίοι θα είναι μέλη ΔΕΠ ελληνικού Α.Ε.Ι. με καθηγητικό βαθμό και συγκεκριμένα προσόντα (π.χ. να έχει διατελέσει μέλος πρυτανικής αρχής). Οι αποφάσεις του ΕΟΑΕ για τα θέματα διοίκησης και λειτουργίας των ΑΕΙ ισχύουν από την αποδοχή τους από τον Υπουργό Εθνικής Παιδείας ως εγκύκλιοι της διοικήσεως και δεσμεύουν τις επιμέρους πρυτανικές αρχές. Με νομοθετική εξουσιοδότηση να θεσπιστούν ειδικές εξουσιοδοτήσεις / ρυθμίσεις, π.χ. για τη σύνθεση των υπηρεσιακών συμβουλίων των ΑΕΙ κατ' εξαίρεση του Υπαλληλικού Κώδικα και με επικεφαλής τον εκάστοτε Πρύτανη του οικείου ΑΕΙ.