Στους πρόποδες των Γερανείων είναι κτισμένη η Ιερά Μονή του Αγίου Ιωάννου Προδρόμου του Μακρυνού η οποία ανήκει στη Ιερά Μητρόπολη Μεγάρων και Σαλαμίνας. Σύμφωνα με την παράδοση, την εποχή της Εικονομαχίας δύο διωκόμενοι μοναχοί από την Κωνσταντινούπολη αναζητούσαν τόπο κατάλληλο για να κτίσουν νέο μοναστήρι.
Έχοντας μαζί τους μερικά λείψανα του Τιμίου Προδρόμου, καθώς και μια θαυματουργή εικόνα του, έφτασαν στο χώρο της σημερινής Μονής και αμέσως επιδόθηκαν στην ανέγερση των πρώτων αναγκαίων κτισμάτων. Καθώς έκτιζαν, αντιλήφθηκαν ότι κινδύνευαν από τους πειρατές που είχαν αποβιβασθεί στη περιοχή. Τότε οι μοναχοί για να αποφύγουν τον κίνδυνο τράπηκαν σε φυγή, αφού έκρυψαν τα ιερά λείψανα και την εικόνα στο λόφο, νοτιοανατολικά της Μονής και ονομάζεται από το Μεγαρικό λαό, μέχρι και σήμερα «Εύρεσις». Μετά από χρόνια κάποιος χωρικός, καθώς έβοσκε το ποίμνιό του στα περίχωρα της Μονής, παρατήρησε ότι ένα πρόβατο ξέκοβε από το κοπάδι και έτρεχε επίμονα στην κορυφή του λόφου της Ευρέσεως. Τη νύχτα πάλι ο βοσκός έβλεπε στην ίδια θέση ένα παράδοξο φως. Αυτό επαναλήφτηκε αρκετές φορές και τότε ερεύνησε το χώρο και βρήκε τα κρυμμένα άγια λείψανα και τη σεπτή εικόνα του Αγίου Προδρόμου. Αυτό το θαύμα έγινε η αιτία της ιδρύσεως της Μονής.
Σύμφωνα με άλλη παράδοση ιδρυτής της Μονής φέρεται ο Όσιος Μελέτιος (11ος αιώνας), που είχε ιδρύσει στη Μεγαρίδα πολλά παραλαύρια, στα οποία τηρείτο το Τυπικό του Οσίου.
Πιθανότερη όμως είναι εκδοχή, κατά την οποία η Μονή ιδρύθηκε από το γνωστό βυζαντινό στρατηγό Ιωάννη Μακρηνό, ο οποίος ανέλαβε την επιχορήγηση της ανοικοδομήσεως της Μονής, καθώς διερχόταν από την περιοχή, όταν το 1263 έλαβε μέρος στην εκστρατεία κατά των Φράγκων της Πελοποννήσου. Οι ρίζες όμως της Μονής πρέπει να αναζητηθούν στους βυζαντινούς χρόνους.
Έγγραφα που έχουν βρεθεί και διασωθεί μαρτυρούν την έκταση των κτημάτων της Μονής, απαριθμώντας εκτάσεις με ελαιόδεντρα, ελαιοτριβεία, υποστατικά με αλευρόμυλους.
Στους χρόνους της επανάστασης του 1821 η Μονή συμμετείχε ενεργά στηρίζοντας το μεγαρικό λαό. Πηγές αναφέρουν ότι η Μονή διέθετε όπλα, που της τα παραχωρούσε ο κατακτητής, για να προστατεύει την περιοχή από τους πειρατές. Μάλιστα οι Μοναχοί του Αγίου Ιωάννου πρωτοστάτησαν στην επίθεση των Δερβενοχωριτών εναντίον του Δράμαλη.
Μετά την επανάσταση υπέστη τη βία των Βαυαρών και διαλύθηκε επί Όθωνος. Τα ιστορικά της τεκμήρια, τα ιερά κειμήλια και τα άγια λείψανα είτε χάθηκαν, είτε μεταφέρθηκαν στην Ιερά Μονή Φανερωμένης Σαλαμίνας, που είχε κριθεί διατηρητέα. Εκτός από τα ιερά κειμήλια, όλη η μεγάλη, κινητή και ακίνητη περιουσία της Μονής εκποιήθηκε με δημοπρασία από το Κράτος και υπέρ του κρατικού Ταμείου.
Μετά τη διάλυσή της η Μονή σιγά σιγά ερειπώθηκε.
Το 1960 ο αοίδιμος π. Δαμασκηνός, γνωστός και ως ο «Παππούς» από τα Μέγαρα, κατόρθωσε να δημιουργήσει μια πνευματική κυψέλη, όπου άρχισαν να συγκεντρώνονται αρκετές νέες μοναχές ενώ ξεκίνησε η ανακαίνιση της εγκαταλελειμμένης Μονής, προκειμένου να εγκαταβιώσουν σε αυτήν. Μάλιστα την 10η Ιουλίου 1960, η αποφαση του Αρχιεπισκόπου Ιακώβου να ανασυσταθεί η Μονή του Μακρυνού ανακοινώθηκε από τον άμβωνα όλων των ιερών Ναών της πόλης των Μεγάρων.
Μέσα σε διάστημα είκοσι μηνών, η Ιερά Μονή αναστηλώθηκε και όλα τα απαραίτητα κτήρια ολοκληρώθηκαν. Κτίσθηκαν κελιά, τράπεζα, μαγειρείο, αρτοποιείο, εργαστήρια, αρχονταρίκια, επισκοπείο, ξενώνες, φιάλη αγιασμού, καθώς και τα εσωτερικά παρεκκλήσια του Γενεσίου της Θεοτόκου, του Αγίου Ιωάννου του Καλυβίτου και το προσκυνητάρι του Εσταυρωμένου. Επίσης, έξω από τον περίβολο της Μονής, ανηγέρθη μέσα στο κοιμητήριο, το παρεκκλήσι του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου και στο λόφο της Ευρέσεως, νοτιοανατολικά της Μονής το παρεκκλήσι του Προφήτου Ηλιού.
Αφού ολοκληρώθηκε η ανέγερση των πρώτων αναγκαίων κτιρίων, η αδελφότητα άρχισε τις προσπάθειες για την ανάκτηση της μοναστηριακής περιουσίας με την επαναγορά των κτημάτων της, που είχαν διανεμηθεί σε χωρικούς.
Την 29 Αυγούστου 1970 έγινε η μετακομιδή τμήματος του αγίου Λειψάνου, εκ της αριστεράς χειρός του Τιμίου Προδρόμου, από την Ιερά Μονή Μεταμορφώσεως των Μετεώρων στη Μονή του Μακρυνού. Έκτοτε την 29 Αυγούστου κάθε έτους, ημέρα μνήμης της αποτομής της ιεράς Κεφαλής του Τιμίου Προδρόμου, θεσπίστηκε να εορτάζεται στη Μονή και η ανάμνηση της μετακομιδής του αγίου Λειψάνου.
Ο μεγαλύτερος θησαυρός της Μονής είναι τα Λείψανα των Αγίων. Μεγάλη ευλογία αποτελεί το τίμιο αίμα «το εκχυθέν εκ της Κεφαλής» του Αγίου Ιωάννου, όπως αναγράφεται στη λειψανοθήκη του. Η χαριτόβρυτη λειψανοθήκη του Προδρομικού αίματος που περιέχει και τεμάχιο Τιμίου Ξύλου, είναι κειμήλιο από την Κωνσταντινούπολη, που είχε κλαπεί από τους Σταυροφόρους και είχε μεταφερθεί στη Βενετία. Στη Μονή επίσης υπάρχουν και τεμάχια ιερών Λειψάνων διαφόρων Αγίων, όπως Αγίων Αποστόλων, Ισαποστόλων, αγίων Ιεραρχών, αγίων μαρτύρων, Νεομαρτύρων, θεοφόρων Οσίων. Διασώζονται λίγα κειμήλια, που βρέθηκαν κατά την επανίδρυση της Μονής, όπως ένα Τρίπτυχο, με αγιογραφημένη στο κέντρο τη Θεοτόκο Γλυκοφιλούσα και δεξιά και αριστερά τον Άγιο Πρόδρομο και τον Άγιο Νικόλαο δεομένους, τα Βημόθυρα του Ιερού Βήματος, με την εικόνα του Ευαγγελισμού, ο Σταυρός του εικονοστασίου, μία εικόνα του Προδρόμου με τα δίπτυχα, καθώς και άλλη μια μικρή εικόνα του Αγίου. Μεταξύ των κειμηλίων φυλάσσονται χειρόγραφα και παλαιές εκδόσεις εκκλησιαστικών βιβλίων, εικόνες, ιερά σκεύη και παλαιά ιερά άμφια. Στον ίδιο χώρο εκτίθενται και μερικά εργόχειρα της σημερινής αδελφότητας, τα οποία αποτελούν έργα τέχνης.
Οι περισσότερες αδελφές ασχολούνται με το χρυσοκέντημα. Φιλοτεχνούν καλύμματα ιερών Σκευών, Επιταφίους, λάβαρα, βήλα, ιερά άμφια, κάποτε και εθνικές ενδυμασίες. Πολλά από αυτά είναι έργα τέχνης και φέρουν παραστάσεις από το Χριστολογικό και το Θεομητορικό κύκλο ή εικόνες Αγίων κεντημένες με το χέρι.
Η αδελφότητα διατηρεί πνευματικούς δεσμούς με μερικά ιδρύματα προστασίας παιδιών, φιλοξενεί κατά καιρούς ορισμένο αριθμό κοριτσιών, όταν συντρέχουν ειδικοί λόγοι και τα βοηθά να γνωρίσουν την εκκλησιαστική ζωή, ενώ παράλληλα τους παρέχει χρήσιμα εφόδια για τη ζωή τους. Επίσης στις θερινές διακοπές δέχεται για ένα δεκαήμερο ομάδα κοριτσιών, προσπαθώντας να καλλιεργήσεις τις ψυχές τους με τα μυστήρια της Εκκλησίας και τη θεία λατρεία.