Η μεγάλη ομάδα του Αμαρουσίου, με τον Βαγγέλη Αλεξανδρή στο τιμόνι της, σαν σήμερα, πριν από 15 χρόνια, πετύχαινε την μεγαλύτερη του επιτυχία και έγραφε ακόμα μια χρυσή σελίδα στην Ιστορία του ελληνικού μπάσκετ.
Στις 17 Απριλίου του 2001 στην Κρακοβία, το Μαρούσι, υπέταξε στον τελικό του Κυπέλλου Σαπόρτα (σημερινό Eurocup) την γαλλική, Σαλόν με 74-72 και ανέβηκε στην κορυφή της Ευρώπης. Το μέγεθος της επιτυχίας της ελληνική ομάδας, μεγαλώνει από το γεγονός πως στους ημιτελικούς, σε διπλά παιχνίδια, απέκλεισε την τότε πανίσχυρη Ούνιξ Καζάν. Πολυτιμότερος πάιχτης εκείνου του τελικού αναδείχτηκε ο Αμερικανός Τζίμι Όλιβερ που είχε πετύχει 31 πόντους.
Το κατόρθωμα αυτό, της ομάδας των βορείων προαστίων, δεν επρόκειτο για μια στιγμιαία λάμψη ή μια φωτοβολίδα. Και αυτό φαίνεται από την μετέπειτα πορεία της ομάδας. Την επόμενη χρονιά φτάνει στον τελικό του Κυπέλλου Κόρατς και στον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδος. Το 2004 φτάνει στο τελικό του FIBA Europe League, όπου χάνει με 87-63 από την Ούνιξ Καζάν, και στους τελικούς του ελληνικού πρωταθλήματος όπου χάνει από τον Παναθηναϊκό. Το 2005 τερματίζει δεύτερο στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος, το 2006, φτάνει ξανά στον τελικό του κυπέλλου Ελλάδος. Το 2008, 2009 και το 2010 φτάνει μέχρι τα ημιτελικά της Α1 και το 2010 φτάνει ένα βήμα από την πρόκριση στα Playoffs της Ευρωλίγκας.
Από τότε άρχισε η κατάρρευση. Με την αποχώρηση του χρηματοδότη Μπάμπη Βωβου, το 2012 ήρθε ο υποβιβασμός της ομάδας που πλέον αγωνίζεται στη Γ΄Εθνική Κατηγορία.