Στις 5 Αυγούστου 1824, πραγματοποιήθηκε η Ναυμαχία της Σάμου (ή Ναυμαχία της Μυκάλης, όπως είναι επίσης γνωστή), στη θαλάσσια περιοχή μεταξύ της ομώνυμης νήσου και των έναντι αυτής Μικρασιατικών παραλίων, μεταξύ του ενωμένου Ελληνικού Στόλου των νησιών της Ύδρας και των Σπετσών, με τον Οθωμανικό Στόλο και έληξε με περιφανή νίκη των Ελλήνων.
Η ναυμαχία διεξήχθη ακριβώς στα ίδια νερά και στην απέναντι Μικρασιατική ξηρά, που 2.300 χρόνια πριν, τον Αύγουστο του 479 π.Χ., οι Έλληνες είχαν νικήσει τους Πέρσες, στη διάρκεια της Μάχης και Ναυμαχίας της Μυκάλης, δίδοντάς τους το τελειωτικό κτύπημα κατά τη δεύτερη εκστρατεία τους εναντίον της Ελλάδος.
Στις 17 Απριλίου 1821 η Σάμος με οπλαρχηγούς τους Λυκούργο Λογοθέτη και Κωνσταντή Λαχανά, είναι από τα πρώτα μέρη της Ελλάδος που θα ξεσηκωθεί, υψώνοντας στο Βαθύ την επαναστατική της Σημαία. Καθ' όλη τη διάρκεια του Αγώνα θα αποτελέσει το ακατάβλητο προπύργιο της Επαναστάσεως και το φόβητρο των Μικρασιατικών ακτών από τις οποίες το πιο κοντινό σημείο της είναι περίπου 800 μέτρα μακριά.
Μετά την καταστροφή των Ψαρών, τον Ιούλιο του 1824, ο Οθωμανικός Στόλος, υπό τον Χοσρέφ Πασά, ναυλοχούσε στη Μυτιλήνη για περίπου ένα μήνα, όταν ειδοποίησε τους Σαμιώτες να δηλώσουν υποταγή στο Σουλτάνο και δεν θα έχουν να φοβηθούν τίποτα. Οι Σάμιοι έκαναν συνέλευση όπου αποφάσισαν να αποκρούσουν την πρόταση του Τούρκου Ναυάρχου, γεγονός όμως που αύξησε κατακόρυφα την αγωνία τους καθώς ήξεραν πλέον ότι ήταν εκτεθειμένοι στις διαθέσεις του Οθωμανού Στόλαρχου.
Την ίδια εποχή ο Ελληνικός Στόλος έχοντας λάβει δάνειο από το εξωτερικό, συγκρότησε μία πρώτη Μοίρα, υπό τον Υδραίο Γεώργιο Σαχτούρη, αποτελούμενη από 27 Υδραίικα και 8 Σπετσιώτικα καράβια, ενώ λίγο αργότερα ετοιμάστηκε και μία δεύτερη Μοίρα, υπό τον Ανδρέα Μιαούλη. Ο ελληνικός στόλος με συνολικώς 56 πλοία (Υδραίϊκα, Σπετσιώτικα και Ψαριανά), με επικεφαλής, ως προελέχθη, τον Υδραίο Γεώργιο Σαχτούρη, υπαρχηγούς το Σπετσιώτη Γ. Ανδρούτσο και το Ψαριανό Ν. Αποστόλη και σπουδαίους πυρπολητές ( Κανάρη, Τσάπελα, Ρομπότση, Βατικιώτη, Ραφαλιά) ήταν πλέον απολύτως έτοιμος για να αντιμετωπίσει τον Οθωμανικό.
Στις 28 Ιουλίου 1824, ο Χοσρέφ Πασάς με το σύνολο σχεδόν του Οθωμανικού Στόλου, περίπου 300 καράβια και πλοιάρια, απέπλευσε από τη Λέσβο με προορισμό τη Σάμο. Η πρώτη Μοίρα του Ελληνικού Στόλου πλέοντας προς τη Σάμο εντόπισε 40 μικρά πλοία, μεταξύ των οποίων και 20 σακολέβες, που έπλεαν προς τη Σάμο μεταφέροντας 2.000 Τούρκους στρατιώτες, προφανώς για να διενεργήσουν απόβαση στο νησί.
Στις 30 Ιουλίου 1824, η Ελληνική Μοίρα κατεδίωξε τα πλοία του προαναφερθέντος αποβατικού στολίσκου, αναγκάζοντάς τα να απομακρυνθούν. Φτάνοντας στο ακρωτήριο της Μυκάλης είδαν μία συγκέντρωση στρατευμάτων να είναι έτοιμα να επιβιβαστούν σε δύο «μπρίκια» και πλήθος άλλων μικρών πλοίων.
Αμέσως μόλις είδαν τον Ελληνικό Στόλο, τα δύο «μπρίκια» έκοψαν τα σχοινιά που συγκρατούσαν τις άγκυρές τους και απομακρύνθηκαν ταχέως από την περιοχή. Ο Οθωμανικός Στόλος βρίσκονταν ελλιμενισμένος πίσω από το ερημονήσι Μαρίνα, όπου ο αντίστοιχος Ελληνικός τους ανακάλυψε, καθιστώντας έτσι αδύνατη οποιαδήποτε μεταφορά του Οθωμανικού Στρατού.
Οι Οθωμανοί αντέδρασαν και 4 ώρες μετά την ανατολή του ήλιου, 18 πλοία πρώτης γραμμής του Στόλου τους ανοίχτηκαν για να αντιμετωπίσουν τα ελληνικά. Ο Σαχτούρης αποδέχτηκε την «πρόκληση» δίδοντας εντολή στον Ελληνικό Στόλο να ναυμαχήσει με τους Οθωμανούς. Όμως οι τελευταίοι φαίνεται να αιφνιδιάστηκαν από την ελληνική αντίδραση και δεν προχώρησαν σε ναυμαχία.
Το απόγευμα, δύο ελληνικά πυρπολικά με τους πυρπολητές Ρομπότση και Τσάπελα, όρμησαν κατά του Οθωμανικού Στόλου, γεγονός που πανικόβαλε τους τελευταίους, οι οποίοι απομακρύνθηκαν αμέσως από την περιοχή. Το ίδιο συνέβη και την επόμενη μέρα.
Στις 4 Αυγούστου 1824, κατέπλευσε η κυρία δύναμη του Οθωμανικού Στόλου κατά του Ελληνικού. Αμέσως 17 ελληνικά πλοία και τον Κανάρη με το πυρπολικό του όρμησαν εναντίον του εχθρού, ναυμαχώντας μαζί του με πείσμα επί πεντάωρο, μέχρις ότου τον ανάγκασαν να απομακρυνθεί. Τις επόμενες μέρες, ο Οθωμανικός Στόλος προσπάθησε μάταια να κινηθεί, χωρίς όμως επιτυχία, καθώς ο Ελληνικός Στόλος είχε αγκυροβολήσει στην περιοχή για τις επόμενες πέντε εβδομάδες, έτοιμος να ναυμαχήσει εκ νέου με τον Οθωμανικό, που δεν αποτολμούσε κάτι τέτοιο, έχοντας καταφύγει στην Κω και δεν θα επιστρέψουν στην περιοχή που τους περίμενε ο ελληνικός στόλος.
Έτσι η Σάμος σώθηκε!
Προς τιμήν της μεγάλης ναυμαχίας οι Σαμιώτες θα κτίσουν κοντά στο φρούριο του Λυκούργου, το Ναό της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος και πάνω σε μαρμάρινη πλάκα θα χαράξουν την επιγραφή: «Χριστός Σάμον έσωσεν στ' Αυγούστου αωκδ (1824)».
Αξίζει να σημειωθεί ότι παρά το γεγονός ότι η Σάμος ουδέποτε κατά τη διάρκεια της Επαναστάσεως θα ανακαταληφθεί από τους Οθωμανούς, εν τούτοις για ανεξήγητους λόγους των Μεγάλων Δυνάμεων, ΔΕΝ θα περιληφθεί στα όρια του νεοσύστατου ελληνικού κράτους. Θα της αναγνωριστεί ένα είδος Αυτονομίας υπό τον Σουλτάνο και θα πρέπει να περιμένει τον Α' Βαλκανικό Πόλεμο για να ενωθεί με την μητέρα Ελλάδα!